9 октября 2003 года сине-бело-голубые обыграли в ответной финальной встрече турнира новороссийский «Черноморец» и завоевали уникальный трофей.
Розыгрыш Кубка Премьер-лиги проводился в 2003-м году в первый и единственный раз. Участие в нем приняли все 16 клубов, выступавших на тот момент в РФПЛ.
В 1/8 финала петербуржцы под руководством Властимила Петржелы обыграли ЦСКА (2:0, 1:3), в 1/4 — «Спартак» (1:0, 1:1), в полуфинале — «Торпедо» (2:2, 3:1).
Первый финальный матч прошел на «Петровском» 9 сентября и завершился победой «Зенита» со счетом 3:0; забитыми мячами отметились Андрей Николаев, Константин Коноплев и Владимир Быстров.
В ответной встрече была зафиксирована ничья 2:2 — отличились Владислав Радимов и Лукаш Гартиг. Радимов же с 4 голами стал лучшим бомбардиром турнира.
После победы Кубок Премьер-лиги был передан на хранение в «Зенит» и сейчас находится в фонде будущего музея сине-бело-голубых.