Зима началась для петербургской команды с матча в Грозном против «Терека», только-только нашедшего в лице Рашида Рахимова нового главного тренера. Хозяева мало чем напоминали одного из аутсайдеров чемпионата и явно намеревались продлить зенитовскую безвыигрышную серию. После безголевого первого тайма во второй половине матча «Терек» быстро повел в счете благодаря удару Игоря Лебеденко. Впрочем, сине-бело-голубым удалось спасти ничью после отличного дальнего удара Акселя Витселя.
4 декабря рекордсмен «Зенита» по количеству проведенных матчей Анатолий Давыдов оставил отпечатки своих ног для будущего музея сине-бело-голубых. Давыдов стал шестым игроком, вошедшим в клубную Аллею славы, — ранее свои отпечатки для нее оставили Станислав Завидонов, Герман Зонин, Василий Данилов, Анатолий Зинченко и Юрий Желудков.
В заключительном домашнем матче 2013 года «Зенит» на своем поле одержал очень важную и очень трудную победу над «Уралом» 2:1 Возглавивший уральцев незадолго до матча в Петербурге Александр Тарханов успел произвести изменения в игре команды, и «Урал» выглядел на «Петровском» боеспособным коллективом. В первом тайме Халк сумел наконец-то пробить насыщенную оборону гостей, однако в начале второго тайма Спартак Гогниев после быстрого розыгрыша штрафного выравнял положение. От очередной ничьей «Зенит» спас Николас Ломбертс, удачно подключившийся к атаке и принесший своей команде долгожданную победу.
На последний матч группового этапа Лиги чемпионов «Зенит» отправился в Вену в гости к уже лишившейся шансов на все «Аустрии». Петербуржцы хорошо начали встречу, Александр Кержаков вывел зенитовцев вперед, однако удержать свое преимущество сине-бело-голубые до перерыва не сумели. Вторую половину встречи «Зенит» откровенно провалил, и в итоге все закончилось поражением со счетом 1:4. Впрочем, победа «Атлетико» в параллельном матче над «Порту» вывела команду Лучано Спаллетти в плей-офф Лиги с рекордно малым количеством очков.
16 декабря в ходе жеребьевки в Ньоне «Зенит» узнал своего соперника по 1/8 финала Лиги чемпионов — им стала дортмундская «Боруссия». Первый матч против финалиста предыдущего розыгрыша турнира зенитовцы проведут дома 25 февраля, ответный — 19 марта на стадионе «Сигнал Идуна Парк».