Май 1925
В мае 1925 года при Ленинградском металлическом заводе имени Сталина была делана команда от которой ведет свою историю "Зенит".

1930
Первые годы своего существования команда выступала в местных соревнованиях. В 1930 году, укрепив состав, команда Ленинградского Металлического завода впервые приняла участие в первенстве Ленинграда.

1936
Незадолго до начала розыгрышей клубных чемпионатов СССР в 1936 году команда Ленинградского металлического завода имени Сталина получила название "Сталинец".  Первые три чемпионата "Сталинец" провел в группе Б (первая лига) и перешел в группу А (высшая лига) в 1938 году.

1939
В 1939 году "Сталинец" вышел в финал Кубка СССР, но в упорной борьбе уступил трофей непобедимому в те годы чемпиону, московскому "Спартаку",

1940 Наше имя Зенит
Год спустя, в 1940 команда наконец обретает то имя, под которым мы ее знаем сейчас, - "Зенит".

1944 Обладатель Кубка СССР
Военный 1944 год становится для "Зенита" триумфальным. Впервые в истории команда становится обладателем Кубка СССР, прервав тем самым гегемонию московских команд.  Последующие три с половиной десятилетия не принесли команде больших успехов. Наивысшие достижения тех лет: четвертое место в чемпионате СССР 1958 года, пятое место в чемпионатах 1949, 1953 и 1976 (осень) годов, выход в полуфинал Кубка СССР 1945, 1954, 1961 и 1977 годов.

Конец 70x
В конце 70 началось возрождение "Зенита". В 1978 году команду возглавил новый тренер - грамотный и честолюбивый Юрий Морозов. Скоростной атакующий футбол, привитый новым наставником, ставка на молодых ленинградских игроков принесли свои плоды в 1980: были завоеваны первые в истории "Зенита" медали чемпионата СССР - бронзовые. На следующий год команда дебютировала в еврокубках. В 1983 году на смену Морозову пришел Павел Садырин, а команда закончила сезон на 4 месте, выдав немало ярких, запоминающихся матчей, дошла до полуфинала Кубка СССР.

1984 - Золотой год
В 1984 году "Зенит" представлял собой прекрасно укомплектованную по всем линиям команду. В мае ленинградцы вышли в финал Кубка СССР, но обидно проиграли в дополнительное время Динамо. Возможно, именно этот психологический удар сплотил команду и заставил приложить все силы для покорения вершины союзного первенства. Первый и единственный раз в своей истории "Зенит" стал чемпионом СССР. На следующий год ленинградская команда выиграла Суперкубок СССР, вышла в полуфинал Кубка СССР. В 1986 заняла четвертое место в чемпионате и четвертый раз подряд вышла в полуфинал Кубка.
Но, начиная со следующего сезона, для "Зенита" настал тяжелый период, продолжавшийся целое десятилетие. В 1990-91 и 1993-95 годах команда выступала в первой лиге чемпионатов СССР и России.

Конец 90х - возрождение Зенита
Очередное возрождение петербургского футбола пришлось на середину девяностых. Вновь у руля команды встал выше упомянутый П. Садырин, в делах клуба наметились серьезные, в лучшую сторону, сдвиги. Через два года на тренерском мостике Садырина заменил Анатолий Бышовец. И в 1997 году последовал первый успех после долгого перерыва - "Зенит" дошел до полуфинала Кубка России.

1999 Обладатель Кубка России
В 1999 под руководством молодого тренера Анатолия Давыдова, игрока клуба, только что завершившего карьеру, "Зенит" выиграл Кубок России, одержав волевую победу над московским Динамо. И этот триумф ознаменовала собой начало, вероятно, лучшего периода в истории команды.

2001 Бронза Чемпионата России
В 2001 году под руководством вернувшегося в команду тренера-легенды Юрия Морозова "Зенит" стал бронзовым призером чемпионата России. В мае 2002 года "Зенит" дошел до финала Кубка России, но уступил в нем ЦСКА

2003 Тренер Иностранец - Властимил Петержела
Тренерский кризис, поразивший команду с уходом Морозова, завершился приглашением в "Зенит" первого в России тренера-иностранца – чешского специалиста Властимила Петржелы. Эксперимент оказался удачным: в том же, 2003 году команда завоевала серебряные медали чемпионата и стала первым и единственным обладателем Кубка Российской Премьер-лиги.

2004
Осенью 2004 "Зенит", пройдя два отборочных тура, вышел в групповой этап розыгрыша Кубка УЕФА, и был близок к выходу из группы в финальную часть турнира. А вот по итогам чемпионата России "Зенит" занял лишь четвертое место.  Перед началом сезона 2005 года футбольные спициалисты ставили "Зенит" в один ряд с ведущими клубами страны и считали одним из претендентов на чемпионский титул. В розыгрыше Кубка России команда в очередной раз дошла до полуфинальной стадии, в середине сезона выдала девятнадцатиматчевую беспроигрышную серию, но опять неудачно провела финиш чемпионата, заняв в итоге только шестое место.

Приход Газпрома
В межсезонье контрольный пакет акций клуба приобрело ОАО «Газпром». Новое руководство пообещало усилить состав команды и, несмотря на временные неудачи, непременно порадовать болельщиков новыми победами как в российских соревнованиях, так и на международной арене. По итогам чемпионата России 2006 года "Зенит" занял четвертое место.

Звездные 2007 и 2008
За год, с осени 2007 по конец лета 2008 Зенит смог выграть сразу 4 трофея!
11 ноября 2007 года «Зенит» стал новым чемпионом России! Затем весной Зенит завоевал СуперКубок России, а спустя всего 3 месяца выиграл почетный международный трофей - Кубок УЕФА. Победное шествие команда продолжила и в дальнейшем - уже в августе 2008-го года сине-бело-голубые стали первым клубом в России, выигравшим СуперКубок УЕФА.

Лига чемпионов 2008
В групповом этапе Лиги чемпионов «Зенит» стал третьим и прошёл в плей-офф последнего в истории розыгрыша Кубка УЕФА. В Лиге Чемпионов «Зенит» отметился домашней ничьей и выездной победой над чемпионом Белоруссии БАТЭ, домашней ничьей с туринским «Ювентусом». Выездной матч «бьянконери» «Зенит» проиграл из-за ошибки Вячеслава Малафеева. Оба матча с мадридским «Реалом» «Зенит» проиграл.  Сезон 2009 года Адвокат начал без Аршавина, со скандалом перешедшего в лондонский «Арсенал».  Первый круг чемпионата России 2009 года «Зенит» завершил в середине турнирной таблице, потеряв из-за травмы до конца сезона Данни.

Отставка Адвокаата и назначение Давыдова
9 августа 2009 г. «Зенит» безвольно проиграл в чемпионате «Томи» со счётом 0:2. В первые часы следующего дня, 10 августа, руководство клуба приняло отставку главного тренера «Зенита» Дика Адвоката.

10 августа 2009 года исполняющим обязанности главного тренера назначен Анатолий Давыдов, возглавлявший до того молодёжный состав «Зенита».
3 октября 2009 года Анатолий Давыдов был назначен главным тренером «Зенита».
Главные тренеры, в разные годы руководившие командой "Зенит": Петр Филиппов, Константин Егоров, Константин Лемешев, Михаил Бутусов, Иван Таланов, Георгий Ласин, Владимир Лемешев, Николай Люкшинов, Аркадий Алов, Георгий Жарков, Геннадий Бондаренко, Евгений Елисеев, Валентин Федоров, Артем Фальян, Евгений Горянский, Герман Зонин, Юрий Морозов, Павел Садырин, Владимир Голубев, Станислав Завидонов, Анатолий Коньков, Вячеслав Булавин, Вячеслав Мельников, Анатолий Бышовец, Анатолий Давыдов, Борис Рапопорт, Властимил Петржела, Дик Адвокаат.

29 ноября 2009 г. (бронза)
В последнем туре на глазах питерской публики был обыграл московский Спартак. Тем самым наша команда заняла 3-ее место и обеспечила себе место в Лиге чемпионов.

Перед сезоном 2010
Главным событием уходящего 2009 года стала отставка Анатолия Викторовича Давыдова и назначение на пост главного тренера Лучано Спаллетти (10 декабря 2009 года).
Таким образом в истории нашего клуба началась новая глава. Первым же приобретением при новом тренере стал защитник сборной Дании, 22 летний Микаэль Лумб. В след за ним был возвращен из стана московского "Динамо" нападающий сборной России, воспитанник СДЮШОР "Зенит", Александр Кержаков. В это же межсезонье команду покинули Камил Чонтофальски и Матея Кежман.
Давыдов же был назначен главным тренером молодежного состава Зенита, ставшего чемпионом 2009 года в первенстве дублей.
Итоги
В 2010 году "Зенит" добился рекордных для себя результатов, завоевав сначала кубок страны, а затем выиграв Российское первенство. Лучано Спаллетти сумел сбаансировать игру команды, которая на протяжении всего сезона добивалась красивых побед. Стоит отметить, что нашему клубу удалось установить множество рекордов, одержав 30 побед за сезон и уступив лишь в трех матчах. Весомый вклад в победу "Зенита" внес возвращенный Александр Кержаков, который по итогам сезона был признан лучшим игроком Премьер-Лиги. Также футбольный клуб "Зенит" был награжден бриллиантовым кубком, который вручается за итоги выступлений основной и молодежной команды.
Наш клуб стал последним чемпионом турнира, который проводился по системе "весна-осень". Начиная со следующего сезона чемпионат будет проводиться по европейской системе "осень-весна", что растянет первый сезон на 1,5 года.

2009—2014. Успехи Спаллетти

 

Лучано Спаллетти

10 декабря 2009 года состоялось заседание совета директоров ФК «Зенит», где была единогласно утверждена кандидатура главного тренера. Им стал Лучано Спаллетти. Контракт с итальянским специалистом, до этого возглавлявшим «Рому», был заключён сроком на 3 года. По окончании сезона-2009 команду покинули Кежман, вернувшийся в ПСЖ, и Чонтофальски, ушедший в кипрский АЕЛ Лимасол. Первым новичком «Зенита» стал защитник сборной Дании 22-летний Микаэль Лумб, уже через 6 месяцев перешедший на правах аренды в нидерландский «Фейеноорд». Резонанс среди болельщиков вызвал переход молодого талантливого вратаря «Зенита» Николая Заболотного в московский «Спартак». Также было объявлено, что кореец Ким Дон Джин не будет играть в 2010 году в связи с частыми потерями сознания и покинет «Зенит». Кореец вернулся на родину в клуб «Ульсан Хёндэ». 16 января 2010 года четырёхлетний контракт заключил воспитанник «Зенита» и лучший бомбардир в истории клуба Александр Кержаков. На сбор было взято множество молодых футболистов. В конце января Игорь Семшов вернулся в московское «Динамо», так как хотел иметь железное место в основном составе. В феврале турецкий форвард Фатих Текке перешёл в казанский «Рубин», а вскоре были подписаны контракты с вратарём ФК «Москва» и сборной Белоруссии Юрием Жевновым и нападающим голландского ПСВ и сборной Сербии Данко Лазовичем. 9 марта 2010 года Сергей Корниленко был отдан в аренду в «Томь».

Данни

В трёх стартовых турах чемпионата России «Зенит» набрал 7 очков, показав очень содержательный, дисциплинированный и качественный футбол. Оправившийся от тяжёлой травмы португалец Данни вышел на лидирующие позиции в команде, забив 2 мяча и показав игру высокого уровня. В перенесённом матче с ЦСКА «Зенит» выиграл со счётом 2:0, практически не дав ЦСКА даже ударить по воротам. Голами отметились Крижанац, забивший мяч на первых минутах с углового и Кержаков во втором тайме.

Первый трофей Спаллетти с «Зенитом» был выигран 16 мая 2010 года в Ростове-на-Дону. В финале Кубка России петербургская команда выиграла со счётом 1:0 у новосибирской «Сибири» благодаря голу с пенальти в исполнении Романа Широкова.

Защиту нового титула «Зенит» начал с петербургского дерби против «Динамо». В 1-м тайме «Зенит» открыл счёт благодаря голуМаксима Канунникова, но уже после перерыва Максим Рогов сравнял счёт с пенальти. Однако это не помешало «Зениту» забить ещё 2 мяча благодаря дублю Алессандро Розины и выйти в 1/8 финала кубка России 2010/11.

В июле ряды «Зенита» пополнили нападающий казанского «Рубина» и сборной России Александр Бухаров, защитник итальянского «Удинезе» и сборной Сербии Александар Лукович, а также защитник «Порту» и сборной Португалии Бруну Алвеш.

31 июля «Зенит» на «Петровском» победил действующего чемпиона России — казанский «Рубин» со счётом 2:0. На послематчевой пресс-конференции главный тренер «Рубина» Курбан Бердыев сказал следующее:

«Думаю, „Зенит“ победил заслуженно. Во втором тайме петербургская команда играла хорошо — компактно, более надёжно в обороне. Виден почерк Спаллетти. Есть неудовлетворение в связи с нашей игрой в атаке, но это больше заслуга „Зенита“. Лидерство „Зенита“ в чемпионате России закономерно. Остальные команды будут бороться за вторые-третьи места»

Президент «Газпрома» Алексей Миллер после матча заявил о решении сделать «Зенит» базовым клубом сборной России. 5 августа был приобретён многоопытный капитан «Рубина» и сборной России Сергей Семак.

Отборочный турнир Лиги чемпионов «Зенит» начал с выездной ничьей 0:0 с румынским клубом «Униря». Хотя петербургский клуб больше часа играл в большинстве, взломать оборону соперника не удалось. Ответный поединок, несмотря на не слишком выразительную игру, «Зенит» выиграл со счетом 1:0 благодаря мячу, который в середине первого тайма забил Данни.

 

Вячеслав Малафеев

В следующем раунде «Зениту» выпало противостояние с бронзовым призёром чемпионата Франции — «Осером». Первый поединок в Санкт-Петербурге вышел непростым для «Зенита», несмотря на то что уже на 3-й минуте матча счёт открыл Александр Кержаков, забивший свой 100-й гол за «Зенит». Дважды счет мог увеличить Роман Широков, но ему не хватило точности. «Осер» же имел два выгодных момента для взятия ворот, но в одном случае выручила перекладина, в другом форвард французской команды не сумел реализовать выход один на один. В итоге первая игра завершилась с минимальным преимуществом «Зенита». Ответная игра стала неудачной для команды. Во Франции «Зенит» не сумел создать реальных угроз у ворот соперника и допустил грубейшие ошибки при стандартных положениях. В начале каждого из таймов мячи после подач угловых забили Ангбар и Елень. После этого ошибки допустили сначала Вячеслав Малафеев, а затем и Томаш Губочан, оба были удалены с поля. «Зенит» потерпел свое первое поражение при Лучано Спаллетти и продолжил свой европейский сезон в групповом турнире Лиги Европы, где в ему в соперники выпали греческий АЕК, бельгийский «Андерлехт» и хорватский «Хайдук».

7 сентября «Зенит» покинул один из старожилов клуба — чешский полузащитник Радек Ширл, который при Спаллетти даже не попадал в заявку на матчи и поэтому перешёл в чешский клуб «Млада Болеслав». За 8 сезонов в «Зените» Радек сыграл в 189 официальных матчах и забил гол, принёсший «Зениту» чемпионское звание в 2007 году.

Осенью 2010 года отличную форму набрал Александр Кержаков, забивший за месяц 9 мячей в чемпионате и Лиге Европы, за счёт чего «Зенит» одержал ряд ярких побед: над «Андерлехтом» со счётом 3:1 и «АЕКом» со счётом 4:2 в Лиге Европы, а также в чемпионате России, где со счётом 6:1 был обыгран «Сатурн».

После 25-го тура «Зенит» довёл свою беспроигрышную серию до 26 матчей. Чтобы повторить рекорд московского «Локомотива», «Зениту» надо было не проиграть «Спартаку» в Москве. Игра шла на равных, но на 88-й минуте «Спартак» получил право на пенальти, который реализовал Дмитрий Комбаров. Отыграться «Зениту» времени уже не хватило.

В 26-м туре «Зенит» разгромил на своём поле «Аланию» со счётом 3:0 благодаря мячу Данко Лазовича и дублю Александра Кержакова. После этого «Зенит» за 4 тура до конца обеспечил себе место в призёрах, а отрыв от ближайших преследователей, «Рубина» и ЦСКА, составлял 6 и 9 очков соответственно. В 28-м туре «Зенит» разгромил «Ростов» со счётом 5:0 и завоевал второе в своей истории звание чемпиона России.

В последние часы летней дозаявочной компании лета 2012 года «Зенит» сумел договориться о переходе в команду бразильского форварда Халка и бельгийского полузащитника Акселя Витселя. По официальным данным покупка обоих футболистов обошлась клубу в рекордные для российского футбола 80 миллионов евро.

Сезон 2012/2013 для «Зенита» начался с Суперкубка России, в котором клуб уступил «Рубину» 0:2. В чемпионате «Зенит» стартовал удачно: в 5 играх — 4 победы и 1 ничья. В 3 туре «Зенит» на своем поле разгромил московский «Спартак» 5:0. В Лиге чемпионов клуб дебютировал в сезоне на выезде против испанской «Малаги» и уступил со счетом 0:3. Далее «Зенит» уступил дома «Миланому» 2:3. В 3 туре Лиги чемпионов «Зенит» выиграл у «Андерлехта» 1:0 благодаря единственному голу Александра Кержакова с пенальти. В 16 туре команда встречалась в гостях с московским «Динамо». Матч был прерван на 37-й минуте матча из-за беспорядков на трибунах. С трибуны гостей во вратаря бело-голубых Антона Шунина брошено пиротехническое устройство, в итоге «Зениту» было присуждено техническое поражение 0:3, наложен штраф и присуждено наказание в виде проведения двух домашних матчей без зрителей. По итогам группового этапа Лиги чемпионов «Зенит» вышел с 3 места в 1/16 финала Лиги Европы. В зимнем межсезонье Зенит пополнилиЛуиш Нету и Милан Родич и покинули завершивший карьеру Дмитрий Бородин, Микаэль Лумб, Ренат Янбаев и Максим Канунников.

По итогам жеребьевки 1/16 Лиги Европы «Зенит» встретился с английским «Ливерпулем». Первый матч петербуржцы дома выиграли со счетом 2:0. Ответный проиграли 1:3, но вышли в 1/8 финала, на швейцарский «Базель». Первый матч в гостях «Зенит» проиграл 0:2. В ответном матче «Зенит» выиграл 1:0 и завершил выступление в еврокубках. В Кубке России «Зенит» проиграл «Анжи» 0:1 В 30-м туре чемпионата России «Зенит» встречался с пермским «Амкаром», сыграл 0:0, тем самым набрав 62 очка и завоевав серебряные медали чемпионата.

9 марта «Зенит» в домашнем матче сыграл вничью с «Томью» со счётом 0:0. 11 марта в связи с неудовлетворительными результатами команды принято решение об отстранении Лучано Спалетти от руководством команды. Исполняющим обязанности главного тренера команды назначен помощник главного тренера Сергей Семак. Тем не менее, Лучано Спаллетти и его тренерский штаб не разрывали действующие контракты с клубом и продолжили получать в нём зарплату.

2014. Андре Виллаш-Боаш

18 марта 2014 года главным тренером «Зенита», с контрактом на два года, был объявлен Португалец Андре Виллаш-Боаш, ранее тренировавший «Порту», «Челси», «Тоттенхэм» и имевший опыт тренерской работы с Халком. После победы над «Краснодаром» в матче 25-го тура чемпионата России Виллаш-Боаш побил рекорд тренеров «Зенита» по числу побед в стартовых матчах, выиграв четыре игры кряду. «Зенит» до последнего боролся с ЦСКА и «Локомотивом» за чемпионство, но, несмотря на победу в 30-м туре над «Кубанью» (4:1), занял второе место в чемпионате России сезона 2013/14.

30 июля 2014 гостевым матчем 3 отборочного раунда с кипрским клубом АЕЛ «Зенит» стартовал в розыгрыше Лиги чемпионов 2014/15. Несмотря на значительное преимущество в ударах по воротам (18:3), в створ петербуржцы попали только дважды, а единственный точный удар АЕЛа принёс ему победу. К тому же на 66 минуте за неспортивное поведение был удалён Витсель. В ответном матче «Зенит» выиграл 3:0, а в 4 раунде дважды обыграл бельгийский «Стандард» Льеж (1:0, 3:0) и вышел в групповой этап, где ему достались «Бенфика», «Байер» и «Монако».

В чемпионате России клуб, встречаясь в основном с новичками и середняками Премьер-лиги, одержал шесть побед в первых шести турах. После выигрыша в первом туре Лиги чемпионов у «Бенфики» «Зенит» установил рекорд клуба — 11 побед подряд во всех турнирах. Следующая игра чемпионата России принесла «Зениту» ещё одно достижение: команда продолжила свою победную серию в чемпионате страны, доведя количество побед до 8, и тем самым обновил рекорд, до этого принадлежавший «Рубину».

2016—2018. Фиаско Луческу и Манчини

В мае 2016 года клуб подписал контракт с новым главным тренером румыном Мирчей Луческу, до этого в течение 12 лет тренировавшего донецкий «Шахтёр». Контракт был заключён по схеме 2+1. В марте 2017 года в тренерский штаб «Зенита» вошёл его бывший капитан Анатолий Тимощук. Перед Луческу встал вопрос о построении новой команды.

30 июня было объявлено о переходе главной звезды команды бразильца Халка в китайский клуб «Шанхай СИПГ»; компенсация составила 55,8 миллиона евро и дополнительные бонусы[69], также в последний день трансферного окна команду покинул основной защитник Эсекьель Гарай, перешедший в «Валенсию». В январе 2017 года в китайский клуб «Тяньцзинь Цюаньцзянь» ушёл Аксель Витсель. Им на смену были приобретены полузащитник сборной Словакии Роберт Мак, бразилец Жулиано и защитник Иван Новосельцев, из аренды вернулся ветеран команды Александр Кержаков. Зимой к ним присоединились вратарь «Уфы» Андрей Лунёв (вскоре ставший основным вратарём команды), полузащитники бразилец Эрнани, француз Йоан Молло и Ибрагим Цаллагов (два последних — из самарских «Крыльев Советов»); из «Челси» перешёл опытный, но возрастной защитник Бранислав Иванович.

23 июля 2016 года в первом матче под руководством Луческу «Зенит» завоевал очередной трофей — Суперкубок России, вновь обыграв ЦСКА (1:0). 27 октября клуб проиграл в гостевом матче 1/8 финала Кубка России «Анжи» 0:4. Это поражение стало первым при Луческу — до этого во всех турнирах были одержаны 12 побед в 16 матчах и самым крупным за 13,5 лет — после проигрыша 10 мая 2003 года московскому «Динамо» 1:7. Первый круг чемпионата России 2016/17 «Зенит» завершил на втором месте, набрав за 17 туров 35 очков и отставая на 5 очков от московского «Спартака».

В Лиге Европы «Зенит» занял первое место в группе «D» с пятью победами и одним поражением (2:3 от нидерландского АЗ, который до этого был разгромлен на «Петровском» 5:0), показав яркую игру: например, была одержана волевая победа в выездном матче с израильским «Маккаби» — 4:3, причём «Зенит» выиграл, уступая 0:3. Однако в 1/16 финала клуб уступил бельгийскому «Андерлехту» 0:2 на выезде и 3:1 дома, пропустив решающий гол в концовке второго матча. После этого «Зенит» сосредоточился на матчах чемпионата России, где ему предстояло бороться за чемпионство с лидером первенства «Спартаком» и идущим вровень с петербуржцами ЦСКА. 22 апреля 2017 года состоялся матч открытия нового стадиона «Зенита», в котором со счётом 2:0 был обыгран «Урал». По итогам первенства команда не только не смогла бороться за чемпионство, но и второй сезон подряд финишировала на третьем месте в чемпионате, не попав в Лигу чемпионов.

После завершения сезона в руководстве «Зенита» произошли принципиальные изменения: пост президента клуба вновь занял Сергей Фурсенко, а пост спортивного директора достался Константину Сарсании, который ранее уже занимал эту должность. 28 мая официальный сайт «Зенита» объявил о досрочном расторжении контракта с Луческу. Через месяц появилась информация, что сумма компенсации за досрочное прекращение контракта составила 2,5 млн евро.

На кандидатуру главного тренера рассматривалось несколько вариантов. 1 июня 2017 года главным тренером был назначен итальянец Роберто Манчини. Соглашение было рассчитано на 3 года и предусматривало возможность продления ещё на два сезона. С Манчини в команду пришёл новый штаб; от Луческу в «Зените» остались только два испанских физиотерапевта. Продолжил работать и Анатолий Тимощук. Ещё одним русскоговорящим тренером «Зенита» стал Игорь Симутенков, помогавший Фабио Капелло в сборной. В «Зенит» приехали и итальянские помощники Манчини. К административному штабу клуба присоединился бывший генеральный менеджер сборной России при Капелло Оресте Чинквини, который занял место заместителя Сарсании. Михаил Бирюков продолжил работу в «Зените» вместе с итальянским специалистом. Манчини уже на первых сборах отказался от схемы 4-2-3-1, которуй использовал Луческу. Стандартной схемой «Зенита» стала 4-4-2.

4 июня было объявлено о переходе в «Зенит» Кристиана Нобоа. Трансфер эквадорца стал первым для клуба в летнее межсезонье. Вскоре был приобретён защитник «Ростова», воспитанник Академии «Зенита», Денис Терентьев. Клуб покинули Николас Ломбертс, который перебрался в бельгийский «Остенде»; Хави Гарсия, вернувшийся в Испанию; Жулиано отправившийся в «Фенербахче», а с многолетним капитаном клуба Данни руководство клуба решило не продлевать контракт. Также в июне в команду вернулись клубные воспитанники Далер Кузяев и Дмитрий Богаев. 1 июля к клубу присоединился Леандро Паредес, перебравшись из «Ромы» за 23 миллиона евро[77]. Также был куплен аргентинский нападающий Себастьян Дриусси. В аренду отправились Роберт Мак, Евгений Чернов, Артур Юсупов, Александр Рязанцев, Лука Джорджевич и Луиш Нету. В первом официальном матче под руководством Манчини — выездной встрече с дебютантом РФПЛ «СКА-Хабаровск» 16 июля — «Зенит» победил 2:0. 6 августа в домашнем матче 4-го тура «Зенит» разгромил действующего чемпиона страны «Спартак» 5:1. 23 августа клуб приобрёл полузащитника Эмилиано Ригони который стал пятым аргентинским игроком, перешедшим в «Зенит» за время летней трансферной кампании. До него к команде присоединились защитник Эмануэль Маммана и полузащитник Матиас Краневиттер.

7 октября на 50-м году жизни скончался спортивный директор Константин Сарсания. Осенью в девяти турах чемпионата, сыгранных с 1 октября, было добыто лишь две победы при четырёх ничьих и трёх поражениях. На зимний перерыв в чемпионате России клуб ушёл на втором месте в турнирной таблице с 37 очками, отставая от лидирующего «Локомотива» на восемь очков. В группе L Лиги Европы «Зенит» набрал 16 очков и с первого места вышел в плей-офф. В зимнее межсезонье в аренду были отданы Кристиан Нобоа, Артём Дзюба и Олег Шатов; в команду перешли Антон Заболотный из «Тосно», а также Эльмир Набиуллин и Магомед Оздоев из «Рубина». В 1/16 Лиги Европы «Зенит» прошёл шотландский «Селтик» (поражение 1:0 на выезде и победа 3:0 дома). В 1/8 финала клуб уступил немецкому «Лейпцигу» — 1:2 в гостях, 1:1 дома. В самом начале второй игры серьёзную травму получил Александр Кокорин, став вторым игроком клуба, получившим разрыв крестообразных связок колена за последние две встречи: 11 марта в игре чемпионата России против «Ростова» (0:0) травмировался Маммана[80]. В ходе чемпионата России «Зенит» сыграл вничью и проиграл несколько важных матчей: 1:2 с «Краснодаром» (победный гол забил Шатов), 3:3 с тульским «Арсеналом» (ничью для туляков после дубля Кузяева спас Дзюба). После ничьи 0:0 с ЦСКА «Зенит» потерял даже теоретические шансы на чемпионство, а поражение на выезде от «Локомотива» 5 мая привело соперника к досрочной победе в чемпионате. Перед последним туром в 9 весенних турах было добыто всего лишь три победы при четырёх ничьих и двух поражениях. В начале мая появилась информация, что Манчини заинтересован в том, чтобы возглавить сборную Италии. Также стало известно, что по окончании сезона команду покинут Доменико Кришито и Виктор Файзулин, не игравший из-за травм с 2015 года. 13 мая «Зенит» объявил об уходе Манчини. Контракт был расторгнут без компенсаций. Под руководством итальянца клуб показал худший результат за последние 10 лет, заняв пятое место в чемпионате.

С 2018. Возвращение и чемпионство Семака

13 мая 2018 года на своей официальной странице в социальной сети «ВКонтакте» «Зенит» поинтересовался у болельщиков, кого они хотят видеть новым главным тренером команды. Больше всего голосов (63,2 %) получил тренер «Уфы» Сергей Семак. Всего на выбор было предложено пять кандидатур. Помимо Семака — главный тренер итальянского «Наполи» Маурицио Сарри (20,3 %), наставник донецкого «Шахтёра» Паулу Фонсека (6,5 %), возглавляющий сборную Аргентины Хорхе Сампаоли (6 %) и тренер аргентинского клуба «Ривер Плейт» Марсело Гальярдо (4 %).

29 мая клуб объявил о назначении Семака на пост главного тренера. Соглашение было рассчитано на два года с возможностью продления ещё на один год. Руководство впервые за девять лет назначило главным тренером команды россиянина. Ассистентами Семака стали Игорь Симутенков, Анатолий Тимощук, работавшие с командой ранее, а также бывший тренер «Уфы» Александр Низелик, работавший ранее в «Зените» переводчиком Спалетти. Голкиперов продолжил тренировать Михаил Бирюков. За физическую подготовку в новом штабе стали отвечать Иван Карминати и Андреа Сканавино. 29 июля клуб провёл первую официальную встречу под руководством Семака, в матче первого тура обыграв красноярский «Енисей» 2:0. 31 июля «Зенит» утвердил на должность спортивного директора клуба испанца Хавьера Рибалту, контракт был рассчитан на три года. Рибалта ранее работал в туринском «Ювентусе» (2012—2017) и главным скаутом в «Манчестер Юнайтед». Двумя капитанами стали Александр Анюков и Бранислав Иванович. 16 августа «Зенит» в ответном матче третьего квалификационного раунда Лиги Европы разгромил минское «Динамо» и прошёл в раунд плей-офф. Игра прошла при пустых трибунах на стадионе «Петровский» и закончилась со счётом 8:1 в дополнительное время при проигрыше в первом матче со счётом 0:4. Это стало вторым случаем, когда российский клуб забил 8 мячей в матче еврокубка (в 2002 году «Зенит» в отборочном раунде Кубка УЕФА разгромил «Энкамп» из Андорры 8:0), также впервые россияне смогли отыграться после поражения с разницей в 4 мяча. 19 августа в матче 4 тура против «Урала» (4:1) травмировался полузащитник Кристиан Нобоа, вернувшийся в строй в марте 2019. 3 сентября клуб объявил о подписании контракта с бывшим полузащитником «Ювентуса» Клаудио Маркизио. На зимний перерыв команда Сергея Семака ушла, занимая первое место в чемпионате России (34 очка) и досрочно выйдя в плей-офф Лиги Европы. В зимнее межсезонье была продана одна из главных «звёзд» клуба — Леандро Паредес перешёл в «Пари Сен-Жермен» за 45 млн евро. В аренду в греческий «Олимпиакос» ушёл вратарь Юрий Лодыгин. Клуб усилился центральным защитником донецкого «Шахтёра» Ярославом Ракицким, опорником «Боки Хуниорс» Вилмаром Барриосом и нападающим казанского «Рубина» Сердаром Азмуном. Досрочно был возвращён из аренды в итальянской «Аталанте» Эмилиано Ригони. Выступление в Лиге Европы закончилось в 1/8 финала после поражения от «Вильярреала» 1:3 (д), 1:2 (г).

Если в последних десяти матчах чемпионата перед зимним перерывом «Зенит» одержал пять побед и потерпел пять поражений, то в первых десяти матчах после перерыва выиграл семь матчей при трёх ничьих. Решающими матчами стали игра 24 тура против «Краснодара», в которой Дзюба на 90+5 минуте принёс победу 3:2, и состоявшаяся 5 мая гостевая игра 27 тура против «Ахмата», в которой Дриусси сравнял счёт на 87-й минуте. Поражение 0:2, которое через 2,5 часа потерпел «Локомотив» в Туле, сделало «Зенит» чемпионом, о чём команда узнала в самолёте.

В сезоне 2019/2020, несмотря на всемирную пандемию коронавируса, Сергей Семак привел "Зенит" ко второму титулу подряд.