Ломбертс начал профессиональную карьеру в «Генте», который в то время не претендовал на высокие места в чемпионате Бельгии. Уже к 22-м годам Нико перерос уровень своего первого клуба, и им начали активно интересоваться из-за границы. Ломбертсу поступали предложения из Германии и московского «Динамо», но молодой защитник остановил свой выбор на «Зените». В Петербурге Николас вышел в основном составе уже через несколько дней после своего трансфера из-за огромного количества травмированных защитников. Тогда Ломбертса, который нарушил правила в своей штрафной, выручил Малафеев, взявший пенальти, а «Зенит» отпраздновал победу над «Ростовом» — 2:0.
В том сезоне Ломбертс успел сыграть в чемпионате России 13 матчей, забив два гола и полностью отыграв легендарную встречу в Раменском, которая принесла «Зениту» первый титул чемпиона страны за 23 года. Спустя почти 10 лет Николас называет этот момент самым памятным в своей насыщенной карьере.
В 2008-м Николас сыграл за «Зенит» всего пять матчей, но, несмотря на это, именно в том году все болельщики команды поняли, что этот игрок — по-настоящему свой. 21 февраля в ответном матче Кубка УЕФА против «Вильярреала» Ломбертс в смелом прыжке сделал голевую скидку на Павла Погребняка, забившего решающий гол в серии. Сам защитник в том эпизоде сильно ударился коленом об штангу ворот и покинул поле на носилках. Ценный вклад в завоевание Кубка УЕФА стоил Нико почти года игры в футбол.
Проблемы со здоровьем продолжились у Ломбертса и в следующем году, но настоящий боец Нико справился с ними, и с тех пор болельщики «Зенита» говорили лишь о все улучшающейся игре защитника, а не его травматичности. В 2009-м команду покинул Дик Адвокаат, но пришедший на его место Лучано Спаллетти в лице Ломбертса нашел ключевого игрока в своих оборонительных построениях на все время, пока он был у руля команды. Уже через год Ломбертс вновь полностью отыграл «золотой» для «Зенита» матч, на сей раз на своем поле.
Год спустя Нико был важной частью команды, которая добилась исторического результата — выхода в плей-офф Лиги чемпионов. На том групповом этапе бельгиец забил единственный мяч в домашнем матче против «Шахтера», а вместе с Малафеевым и остальными партнерами по обороне в решающем матче сдержал натиск «Порту». Пусть «Зенит» той зимой не смог преодолеть барьер 1/8 финала главного еврокубка, но зато завоевал уже четвертый чемпионский титул в своей истории, а Нико был признан лучшим иностранным игроком РФПЛ.
В кампании-2014/15, когда командой руководил уже Андре Виллаш-Боаш, Ломбертс продолжал быть практически незаменимым в оборонительных построениях «Зенита». Его связка с Эсекиэлем Гараем стала, возможно, сильнейшей в истории чемпионатов России, что нашло отражение в статистике: «Зенит» за 30 матчей пропустил всего 17 голов, и лишь два раза в сезоне соперники сине-бело-голубых забивали более одного мяча за игру. К тому времени Ломбертс был не только ключевым игроком команды, но и не раз выводил своих партнеров на игру с капитанской повязкой. Скромный Нико в различных интервью говорил, что не придает этому особого значения, ведь для него главное – это победа команды.
За 10 лет Ломбертс завоевал любовь петербуржцев и уважение болельщиков других команд не только уровнем игры и самоотдачи на поле, но и многими поступками за его пределами. Если Нико пропускал матчи, то его иногда можно было увидеть в фанатском секторе вместе с активными болельщиками команды: он сам называл себя поклонником «олдскульного» боления — с песнями, баннерами и файерами. За 10 лет полиглот Ломбертс успел добавить к своей внушительной коллекции языков еще и русский, на котором он может общаться без каких-либо трудностей. Нико стал одним из главных популяризаторов России за границей, во всех интервью говоря про нашу страну и особенно Петербург лишь теплые слова. Да и вряд ли многие иностранцы смогут исполнить российский гимн так, как однажды сделал это Ломбертс в эфире «Матч ТВ».
По окончании этого сезона Нико покинет «Зенит», перейдя в свой лишь только третий клуб за карьеру, бельгийский «Остенде». Но, возможно, совсем скоро он вернется в Россию уже на чемпионат мира — в составе сборной Бельгии.
Николас Ломбертс за 10 лет в «Зените»:
Четырехкратный чемпион России
Двукратный обладатель Кубка России
Обладатель Кубка УЕФА
Обладатель Суперкубка УЕФА
Четырехкратный обладатель Суперкубка России
5 раз в списке 33-х лучших футболистов РФПЛ
Лучший иностранный игрок чемпионата России-2011/12