Себастьян приехал в северную столицу в июле 2008 года. Инициатором его перехода был сам Дик Адвокат. Дебют состоялся уже 6 августа в кубковом поединке с новосибирской «Сибирью». Тогда защитник провел на поле все 90 минут и ничем кроме предупреждения отметится не смог, а сине-бело-голубые уступили своему сопернику и прекратили выступление в Кубке страны на стадии 1/16 финала. В принципе, в том матче 28-й номер «Зенита» показал не плохой футбол, но даже невооруженным глазом было видно, что есть к чему стремиться. Следующее появление Пюйгренье в зенитовской футболке произошло 10-го августа, когда его команда пожаловала в гости к казанскому «Рубину». Наверное, этот день Себастьян запомнит на всю жизнь. Можно с уверенностью говорить, что он стал самым «черным» в его игровой карьере. Выйдя на замену на 64-й минуте, француз ушел в раздевалку уже на 77-й, получив красную карточку за фол последней надежды против Бухарова. «Зенит» в той игре уступил, и уступил по всем статьям – 1:4. Стоит отметить, что грубая игра была некой манерой центрального защитника, ибо, даже выступая на родине, игрок часто зарабатывал предупреждения, за что получил прозвище «Мясник из Нанси».
Несмотря на провальный дебют в чемпионате России, Пюйгренье не потерял доверие со стороны голландского специалиста и сразу же после отбывания матчевой дисквалификации вновь появился в стартовом составе в поединке 19-го тура против самарских «Крыльев Советов». Игрок демонстрировал достаточно хорошую и надежную игру, в связи с чем ему удалось закрепить за собой место в центре оборонительных редутов «Зенита». 29 августа 2008 года Себастьян стал обладателем Суперкубка Европы, отыграв в финальном матче против «Манчестера Юнайтеда» 62 минуты. Вплоть до 27-го тура француз принимал участие во всех встречах своей команды, а в матче 23-го тура с московскими «железнодорожниками» даже отметился голом.
Записал футболист в свой личный актив и три матча в групповом этапе Лиги Чемпионов. Третий, против белорусского БАТЭ, стал последним за «Зенит». Во второй раз за свою петербургскую карьеру, «Мясник из Нанси» покинул поле раньше финального свистка арбитра, получив две желтых карточки. После этого фанаты сине-бело-голубых больше не смогли лицезреть игрока с 28-м номером на футболке. В январе 2009 года Себастьян перешел в английский «Болтон» на правах аренды. За семь игр, проведенных в составе «странников», наш герой забил один гол и всего лишь однажды был удостоен «горчичника».
В июне 2009 года Пюйгренье вернулся в Петербург, где в его распоряжении было две недели на то чтобы доказать Адвокаату, что он достоин звания футболиста «Зенита». Но сделать ему этого не удалось. Игрок отправился на родину выступать за «Монако», не отрицая своего желания помочь этому клубу. Год проведенный в стане «монегасков», оказался для футболиста очень даже удачным. Он стал полноценным игроком основного состава и сыграл за свой новый клуб практически во всех матчах чемпионата Франции, при этом дважды поразив ворота соперников и заработав 11 предупреждений.
Недавно, в эфире радио «Зенит» генеральный директор петербургского клуба Максим Митрофанов отметил, что продолжение выступления за «Монако» соответствует как планам обоих клубов, так и планам самого футболиста. Но, тем не менее, игрок отправился на австрийский сбор именно с петербургской командой. Возможно, французу удастся привлечь внимание нового наставника петербуржцев Лучано Спаллетти, и во второй части сезона у «Зенита» появится новый, но уже известный питерским любителям футбола центральный защитник.
018:52 «Зенит» — одиннадцатикратный чемпион страны! 
